マイナポイントは、１施策につき１人１回に限り申込が可能だが、総務省はこのほど、複数回にわたる申込みが471件（２回が470件、３回が１件）あったことを公表した。複数回の申込みに対し、実際にポイントがそれぞれ付与されているかについて現時点では判明しておらず、現在、調査中。複数回付与された実例が判明した場合は、速やかにポイントを取り消すなど必要な対応をとるとしている。
マイナポイントは、マイナンバーカードを使って申し込むことで受け取れるサービスや商品の購入などに利用できるポイントのことで、マイナンバーカードの普及促進を目的に施策が始まった。６月30日からスタートした第２弾の施策では、(1)カード新規取得等で最大5000円分、(2)健康保険証としての利用申込で7500円分、(3)公金受取口座の登録で7500円分、これら３つの施策を合わせると、１人当たり最大２万円分のポイントが受け取れる。
マイナポイントの申込みはマイナンバーカードのＩＣチップ内に搭載されている利用者証明用電子証明書（証明書）を利用して行うが、証明書の有効期限切れ等により、市区町村で証明書が更新された場合には、複数回申込みを防ぐため、新旧の証明書を紐付け、同一人物であることを確認している。しかし、証明書の有効期限切れや本人の失効申請、本人死亡等法律で規定された失効ではなく、市区町村が法律で想定されていない場面がある。
こうした場面で証明書の失効を行うと、新たな証明書が発行されても新旧の証明書の紐付けが行われず、複数回の申込が可能となるケースが発生していたことが判明した。現在は、複数回の申込みを防止するため、法律で想定されていない場面で失効が行われた証明書についても、新たな証明書との紐付けをする対策を講じている。また、総務省では、市区町村に対して、適切な事務処理の徹底を図るよう６月28日付で通知を発出している。