個人事業者が１年間に生じた所得を正しく計算して申告するためには、日々の取引の状況を記帳し、帳簿や書類を一定期間保存する必要がある。青色申告者は、原則として正規の簿記の原則（一般的には複式簿記）により記帳を行わなければならないが、簡易帳簿で記帳してもよいことになっている。標準的な簡易帳簿の種類には、(1)現金出納帳、(2)売掛帳、(3)買掛帳、(4)経費帳、(5)固定資産台帳の５つがある。
青色申告者の帳簿書類の保存期間は、仕訳帳、総勘定元帳、現金出納帳、売掛帳、買掛帳、経費帳、固定資産台帳などの帳簿は７年、損益計算書、貸借対照表、棚卸表などの決算関係書類は７年、領収証、小切手控、預金通帳、借用証などの現金預金取引等関係書類は７年（前々年分所得が300万円以下は５年）、取引に関して作成し、又は受領したその他の書類（請求書、見積書、契約書、納品書、送り状など）は５年となっている。
一方、青色申告者以外の白色申告者についても、記帳・帳簿等の保存制度が設けられている。事業所得等（事業所得、不動産所得及び山林所得）を生ずべき業務を行う全ての人（所得税及び復興特別所得税の申告の必要がない人も含む）については、帳簿を備え付けて収入金額や必要経費に関する事項を記帳するとともに、帳簿や書類を保存する必要がある。ただし、白色申告で作成する帳簿は、単式簿記で記帳された「法定帳簿」のみとなる。
白色申告者は、収入や必要経費など、必要事項がきちんと記帳されていれば、記帳形式は自由だ。白色申告者の帳簿書類の保存期間は、収入金額や必要経費を記載した帳簿（法定帳簿）は７年、業務に関して作成した上記以外の帳簿（任意帳簿）は５年、決算に関して作成した棚卸表その他の書類及び業務に関して作成し、又は受領した請求書、納品書、送り状、領収書などの書類は５年となっている。
なお、青色申告者の特典の一つに、事業所得又は不動産所得を生ずべき事業者が、正規の簿記の原則に従い記帳し、その記帳に基づき作成した青色申告決算書を確定申告書に添付し、確定申告書を提出期限内に提出する場合は、これらの所得を通じて最高55万円（ｅ－Ｔａｘによる電子申告等の場合は最高65万円）を控除できる青色申告特別控除がある。それ以外の場合は、事業所得等を通じて最高10万円の控除となる。