勤務先から支給を受ける現物支給の給与は支給時に所得税の課税対象とされるが、その現物支給の給与が、譲渡制限の付されたストックオプション（税制非適格ストックオプション）である場合には、そのストックオプションを譲渡して所得を実現させることができないことから、ストックオプションの付与時に所得を認識せず、そのストックオプションを行使した日の属する年分の給与所得として所得税の課税対象とすることとされている。
他方で、ストックオプションの付与契約において、租税特別措置法に規定する一定要件を満たす場合（税制適格ストックオプションに該当する場合）には、そのストックオプションを行使して株式を取得した日の給与課税を繰り延べ、その株式を譲渡した日の属する年分の株式譲渡益として所得税の課税対象とすることとされている。給与所得の税率よりも株式譲渡益の税率が低い場合には、税負担が軽減されることとなる。
上記の一定要件とは、(1)そのストックオプションは、発行会社の取締役等に付与されたものであること、(2)そのストックオプションの行使は、その契約の基となった付与決議の日後２年を経過した日からその付与決議の日後10年を経過する日までの間に行わなければならないこと、(3)そのストックオプションの行使の際の権利行使価額の年間の合計額が1200万円を超えないこと。
さらに、(4)そのストックオプションの行使に係る１株当たりの権利行使価額は、その新株予約権に係る契約を締結した株式会社の契約の締結の時における１株当たりの価額相当額以上であること、(5)そのストックオプションについて、譲渡が禁止されていること、(6)そのストックオプションの行使に係る株式の交付が、会社法第238条第１項に定める事項に反しないで行われるものであること、などがある。
なお、2023年度の税制改正においては、税制適格ストックオプションの要件のうち、ストックオプションの行使はその付与決議の日後10年を経過する日までの間に行うこととの要件（上記(2)の要件）について、一定の株式会社が付与するストックオプションについては、そのストックオプションの行使はその付与決議の日後「15年」を経過する日までの間に行うこととするなどの見直しが行われている。
上記の「一定の株式会社」とは、設立の日以後の期間が５年未満の株式会社で、金融商品取引所に上場されている株式等の発行者である会社以外の会社であることその他の要件を満たすものとされている。これらの改正は、2023年４月１日以後に行われる付与決議に基づき締結される契約により与えられるストックオプションについて適用することとされている。