国税庁はこのほど、「『消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関する取扱通達の制定について』の一部改正について（法令解釈通達）」を公表し、インボイス制度の2022年度改正に対応する取扱いを整備している。主なところでは、(1)免税事業者に係る適格請求書発行事業者の登録申請に関する経過措置、及び(2)控除対象外仕入れに係る支払対価の額の意義がある。
(1)の免税事業者に係る適格請求書発行事業者の登録申請に関する経過措置については、免税事業者は2023年10月１日の属する課税期間中にインボイス発行事業者の登録を受けた場合、その登録日からインボイス発行事業者となることができる経過措置があるが、2022年度改正により、同経過措置の適用期間が同日から2029年９月30日まで延長された。これに伴い、同改正通達では、「2029年９月30日まで」と適用期間が追記された。
経過措置の適用期間中にインボイス発行事業者の登録がされた場合には、登録開始日から当該課税期間の末日までの間における課税資産の譲渡等及び特定課税仕入れは、《小規模事業者に係る納税義務の免除》の規定は適用されないのだから、その課税期間に免税事業者である事業者がインボイス発行事業者の登録を受けようとする場合には、登録申請書のみを提出すればよく、課税事業者選択届出書の提出を要しないことに留意するとした。
また、その事業者は、登録開始日の属する課税期間が2023年10月１日を含む場合、インボイス発行事業者の登録の取消しを求める届出書を提出し、登録の取消しを受けて、事業者免税点制度が適用されるが、その課税期間が2023年10月１日を含まない場合、登録開始日の属する課税期間の翌課税期間から登録開始日以後２年を経過する日の属する課税期間までの各課税期間については、事業者免税点制度が適用されないことが示されている。
(2)については、例えば、インボイス発行事業者以外の者から行った課税仕入れに係る支払対価の額であっても、《仕入税額控除に係る帳簿及び請求書等の保存》の規定により同項に規定する帳簿のみの保存によって《仕入れに係る消費税額の控除》の規定の適用を受けることとなる課税仕入れに係る支払対価の額は、控除対象外仕入れに係る支払対価の額に含まれないことに留意することとされている。
同法令解釈通達は↓https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kobetsu/kansetsu/kaisei/200628/pdf/01.pdf