厚生労働省は、2023年４月１日から月60時間を超える時間外労働の割増賃金率が引き上げられことから、中小企業の事業主に対して注意を呼びかけている。現在、2023年３月31日までは、月60時間超の残業割増賃金率は、大企業が50％（2010年４月から適用）、中小企業は25％（2023年４月１日から）だが、来年４月からは、月60時間超の残業割増賃金率は、大企業、中小企業ともに50％に引き上げられる。
月60時間を超える法定時間外労働に対しては、使用者は50％以上の率で計算した割増賃金を支払わなければならないが、深夜労働との関係では、月60時間を超える時間外労働を深夜（22:00～５:00）の時間帯に行わせる場合、「深夜割増賃金率25％＋時間外割増賃金率50％＝75％」となる。月60時間の時間外労働時間の算定には、法定休日に行った労働時間は含まれないが、それ以外の休日に行った労働時間は含まれる。
代替休暇については、月60時間を超える法定時間外労働を行った労働者の健康を確保するため、引上げ分の割増賃金の支払の代わりに有給の休暇（代替休暇 ）を付与することができる。また、割増賃金率の引上げに合わせて就業規則の変更が必要となる場合がある。例えば、就業規則に「時間外労働に対する割増賃金は、時間外労働60時間以下……25％、時間外労働60時間超……50％」と定めることになる。
また、働き方改革に取り組む中小企業事業主には、環境整備に必要な費用の一部を国が助成する「働き方改革推進支援助成金」制度がある。勤怠管理システム導入費用と就業規則の改正費用に、働き方改革推進支援助成金を活用できる。助成率は75％（一定の要件を満たした場合は80％）、上限額は最大250万円で、事業場内賃金の引上げ等の一定の要件を満たした場合は最大490万円となる。
なお、中小企業に該当するかは、企業単位で定められた「資本金の額又は出資の総額」又は「常時使用する労働者数」を満たすかどうかで判断される。それは、「小売業」であれば資本金の額又は出資の総額が５千万円以下、常時使用する労働者数が50人以下、「サービス業」は同５千万円以下、100人以下、「卸売業」は同１億円以下、100人以下、「上記以外のその他の業種」は同３億円以下、300人以下、というもの。