上場株式等に係る譲渡損失の金額は、一定要件を満たす場合に限りその譲渡損失の金額が生じた年の翌年以後３年間にわたって上場株式等に係る譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る配当所得等の金額から繰越控除できる。ただし、一般株式等に係る譲渡所得等の金額からの繰越控除はできない。この控除をするには、上場株式等に係る譲渡損失の金額が生じた年分の所得税について一定の書類を添付した確定申告書を提出する必要がある。
また、一般株式等に係る譲渡所得等の赤字の金額は、「特定中小会社の発行株式に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除」の場合を除き、上場株式等に係る譲渡所得等の黒字の金額から控除することはできない。また、一般株式等に係る譲渡損失の金額のうちに、特定中小会社の発行した株式で払込みにより取得したものを「適用期間」内に譲渡（親族等への譲渡等は除く）したことにより生じた一定の損失の金額がある場合がある。
この場合のその損失の金額は、一定の要件を満たす場合に限り、その年分の上場株式等に係る譲渡所得等の金額から控除することができ、その年分の上場株式等に係る譲渡所得等の金額から控除しきれないときは、その損失の生じた年の翌年以後３年間にわたって一般株式等に係る譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る譲渡所得等の金額から繰越控除できる。これが、「特定中小会社の発行株式に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除」だ。
この控除をするには、損失の金額が生じた年分の所得税について一定の書類を添付した確定申告書を提出するとともに、その後の年において、連続して一定の書類を添付した確定申告書を提出することが必要となる。なお、「特定中小会社」とは、いわゆるエンジェル税制の対象となる株式を発行する会社のことで、一定の要件を満たす特定中小会社に該当することについて都道府県知事の確認書等の交付を受けている株式会社をいう。
また、上記の「適用期間」とは、その特定中小会社の設立の日からその特定中小会社の発行した株式が上場等された日の前日までの期間をいう。