年末調整を行った後にやり直しが必要なケースは少なくない。年末調整は、その年最後の給与を支払うときに行うので、扶養控除や配偶者控除は、最後の給与を支払う日の現況で判断することになる。しかし、年末調整が終わった後、その年の12月31日までの間に、控除対象扶養親族などの人数が異動する場合がある。所得税法では、その年の12月31日の現況で控除対象扶養親族などの判定を行うことになっている。
したがって、控除対象扶養親族などの人数が異動した場合には、年末調整した税額とその人が納めるべき税額とは違ってくる。例えば、その年の12月31日までに控除対象扶養親族の数が増えた場合は、年末調整のやり直しをすることができる。年末調整のやり直しを行うときには、その年分の源泉徴収票を作成・交付する日までに本人から「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の提出を受ける必要がある。
年末調整のやり直しは、従業員に源泉徴収票を発行する前の翌年１月31日までが期限となる。その訂正期限が過ぎた場合、あるいは既に従業員への源泉徴収票発行後に間違いが判明した場合には、やり直しが必要な従業員が自ら確定申告を行うことで再調整できる。年末調整のやり直しをしない又はできない場合には、役員や使用人本人が、確定申告によって所得税及び復興特別所得税の還付を受けることができる。
一方、子供の就職や結婚などにより扶養の対象外となって、控除対象扶養親族などの数が減る場合がある。この場合にも、本人から「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の提出を受け、年末調整をやり直して、不足している税額を徴収することになる。徴収不足税額がある場合の年末調整のやり直しについては、その異動があった年の翌年の１月末日以降であっても必ず行う必要がある。
なお、過年度分の年末調整が間違っていたことが判明するケースも少なくない。こうした場合にも、年末調整のやり直しを行うことになる。やり直した結果、支払った税額が少なく追加徴収される場合には、会社が税務署に従業員の不足額を支払うため、追加徴収分を従業員へ請求する。一方で、支払った税額が多かったため還付される場合には、従業員が自ら税務署に還付請求をしてもらわなければならない。