2020年度税制改正においては、コロナ禍から立ち上がる中小企業の成長支援・地域経済の活性化の観点から、中小企業の経営資源の集約化（Ｍ＆Ａ）に資する税制を創設する。経営資源の集約化によって生産性向上等を目指す計画の認定を受けた中小企業が、計画に基づくＭ＆Ａを実施した場合に、(1)設備投資減税、(2)雇用確保を促す税制、(3)準備金の積立を認める、の３つをセットで適用することを可能とする措置を創設する。
まず、Ｍ＆Ａの効果を高める設備投資減税は、中小企業等経営強化法の経営力向上計画に基づくＭ＆Ａを実施した場合に、投資額の最大10％を税額控除又は全額即時償却する。資本金3000万円超の中小企業者等の税額控除率は７％となる。具体的な取組例では、自社と取得した技術を組み合わせた新製品を製造する設備投資や、原材料の仕入れ・製品販売に係る共通システムの導入が対象となる。
次に、Ｍ＆Ａ実施後の雇用確保を促す措置として、Ｍ＆Ａに伴って行われる労働移転等によって、給与等支給総額を対前年比で2.5％以上引き上げた場合、給与等支給総額の増加額の最大25％を税額控除（1.5%以上の引上げは15%の税額控除）する。例えば、取得した販路で更なる販売促進を行うために必要な要員の確保などが対象になる。また、Ｍ＆Ａ実施後のリスクに備える５年間の据置期間付の準備金を措置する。
これは、中小企業等経営強化法の改正法の施行の日から2024年３月31 日までの間に同法の認定に係る経営力向上計画に従って他の法人の株式等の取得をし、かつ、これをその取得の日を含む事業年度終了の日まで引き続き有している場合に、その株式等の価格の低落による損失に備えるため、その株式等の取得価額の70％以下の金額を中小企業事業再編投資損失準備金として積み立てた金額は、損金算入できる。
この準備金は、簿外債務が発覚してその株式等の帳簿価額を減額した場合等において取り崩すほか、その積み立てた事業年度終了の日の翌日から５年を経過した日を含む事業年度から５年間でその経過した準備金残高の均等額を取り崩して、益金算入する。中小企業のＭ＆Ａには、大別して「株式譲渡」と「事業譲渡」のケースがあるが、簿外債務等のリスクをヘッジできない「株式譲渡」について、準備金制度を措置したもの。