生計を一にしている配偶者その他の親族が納税者の経営する事業に従事している場合、これらの人に支払う給与は原則必要経費にはならないが、青色申告者の場合は、一定の要件の下に実際に支払った給与の額を必要経費とする青色事業専従者給与の特例が認められている。青色申告者は、記帳によって家計と事業の経理区分が明確なので、家族従業員に支払う給与も、一般の従業員の給与と同様に取り扱うべきとの考えによるものだ。
青色事業専従者給与として損金算入が認められる青色事業専従者とは、(1)青色申告者と生計を一にする配偶者その他の親族であること、(2)その年の12月31日現在で年齢が15歳以上であること、(3)その年を通じて６月を超える期間（一定の場合には事業に従事することができる期間の２分の１を超える期間）、その青色申告者の営む事業に専ら従事していること、の要件のいずれにも該当する人をいう。
必要経費に算入するためには、青色事業専従者の氏名、職務の内容、給与の金額、支給期など必要事項を記載した届出書を、算入しようとする年の３月15日までに税務署に提出しておく必要がある。また、専従者が増える場合や、給与を増減額する場合など、届出の内容を変更するためには、「青色事業専従者給与に関する変更届出書」を遅滞なく納税地の所轄税務署長に提出していることも要件の一つとされている。
家族従業員の給与を必要経費に算入できることには大きなメリットがあるが、一方で留意点も少なくない。例えば、景況の変化や専従者の就業内容に異動が生じたことなどから、当初届け出た給与の金額などに変更がある場合は、上記のように、すぐにその旨を税務署に届け出なければならない。さらに注意が必要なのは、事業収入が思うように上がらないなどで、給与の支給を年の中途で打ち切った場合である。
場合によっては、それまでに支払った専従者給与を必要経費に算入できないケースが出てくる。原則的には、就業期間が６ヵ月を超えていれば、それまでに支払った給与は必要経費となるが、半年未満の場合には、その間に支払った給与の必要経費算入は認められない。ただし、その場合は、すでに収めた源泉徴収税額の還付を受けることができるし、事業主は、その配偶者について配偶者控除の適用を受けることができる。